21. 国家自然基金项目：造礁石珊瑚虫绿藻Symbiochlorum hainanensis高温耐受分子机制研究。2022.01-2025.12. 负责人
20.国家自然基金项目：海绵共生微生物种群结构与功能特征及其时空变化规律。31861143020。2019.01 - 2021.12。负责人（李志勇）
19.国家自然基金项目：多种生境中海绵全功能体研究：宿主代谢、共生微生物活跃类群及其功能比较。41776138。 2018.01 - 2021.12。负责人（李志勇）
18.国家自然基金项目：海绵微生物学国际学术会议。41742002。 2017.06 - 2018.12。负责人（李志勇）
17.国家重大科学研究计划:南海珊瑚礁对多尺度热带海洋环境变化的响应、记录与适应对策研究：课题3-南海珊瑚礁退化机理与修复潜力，2013/01-2017/12，课题负责人（李志勇）。
16.国家自然基金项目：基于宏转录组学的海水酸化对南海近海珊瑚礁海绵共生微生物种群结构与生态学功能影响的研究。2014,1-2016,12。负责人（李志勇）
15.国家自然基金项目：利用深度测序与比较元基因组学分析海绵共生微生物群落代谢潜力与生态学功能，2012,1-2015,12。负责人（李志勇）
14.国家自然基金项目：海绵共生古菌、细菌的氮循环生态学功能的分子证据，2011-2013。主持（李志勇）
13.国家自然基金项目：海洋萎缩芽孢杆菌Bacillamide C生物合成机制研究。2014.1-2015.12（张风丽）
12.国家自然基金项目：通过聚酮合成酶基因的检测与分析评估我国南海海绵与珊瑚共生放线菌生产聚酮类化合物的能力，2012,1-2012,12。主持（孙伟）
11.国家自然基金项目：海绵宏基因组文库中高选择性脂肪酶的分离及性质分析，2011-2013。主持（蒋群）
10.国家自然科学基金委员会创新研究群体项目：子课题-南海贪婪倔海绵共附生Bacillus Vallismortis生物合成Neobacillamide A的分子机理研究。2009-2011。子课题负责（李志勇）
9.国家863计划：海洋功能天然产物的规模化制备与利用评价技术——海洋微生物大规模发酵制备候选药物关键技术——海绵共生微生物药源化合物大规模制备工艺与调控技术。2011-2013。子课题负责（李志勇）
8.国家863计划：海洋共生微生物资源的开发与利用。2007-2010。主持（李志勇）
7.国家863计划：海绵共生细菌种群结构分子诊断技术的建立，2002-2004；2004-2005（滚动）。主持（李志勇）
6.教育部新世纪优秀人才计划项目：基于宏基因组的海绵及其共生微生物功能基因研究。2007-2009。主持（李志勇）
5.上海市科委登山计划重大项目：子课题-产毒赤潮藻现场快速的分子检测技术初探。2006-2008。子课题负责（李志勇）
4.上海市科技启明星人才计划项目：海绵活性菌混合培养协同增强生物活性的基础技术研究。2004-2007。主持（李志勇）
3.上海市优秀青年教师后备人才计划项目：南海海绵活性菌的筛选、发酵培养与分类学研究。2003-2005。主持（李志勇）
2.国家海洋局开放基金项目：中国东海赤潮甲藻孢囊的分子生物学检测。2009-2010。主持（张风丽）
1.上海交通大学重大项目培育基金项目：宏基因组技术指导从海绵共附生微生物发现新型先导化合物的研究。2009-2011。主持（李志勇）
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