实验室具有分子生物学、微生物培养与发酵、代谢产物分离与制备等常规设备，例如：DGGE、脉冲场电泳仪、常规电泳仪、凝胶成像系统、杂交炉、PCR仪、高速离心机、小型发酵罐、旋转蒸发真空浓缩仪、冷冻干燥机、真空干燥机、旋转离心薄层仪、分析型HPLC、半制备型HPLC、摇床等。

  大型设备依托微生物代谢教育部重点实验的微生物代谢产物、代谢组学、蛋白组学等平台设备，以及上海交大分析中心。